Die Firma, der Besitz in Niendorf sowie der Titel gingen 1913 nach dem Tod von John Freiherr v. Berenberg-Gossler auf dessen Sohn und Partner Cornelius (III) über. Diesem fiel die schwere Aufgabe zu, das Unternehmen durch zwei Weltkriege zu steuern und den Wiederaufbau zu leiten. Die Wirtschaft kam nach 1918 zwar zunächst wieder in Gang, doch führten die Inflation, die 1923 ihren Höhepunkt erreichte, sowie die Deflation und die sich daran anschließende Weltwirtschaftskrise von 1929/30 zu ständig neuen, schwersten Belastungen.

Im Kreditgewerbe kam es zu einer Welle von Fusionen und Geschäftsaufgaben. Cornelius suchte 1930 die Zusammenarbeit mit einem stärkeren Institut. Dieses fand er in der befreundeten Darmstädter und Nationalbank (Danatbank), doch als 1931 die deutsche Bankenkrise eskalierte, ging die gefährdete Danatbank selbst auf Weisung der neu geschaffenen Bankenaufsicht in der Dresdner Bank auf. Cornelius gelang es, seine Firma zur alleinigen freien Verfügung zurückzuerhalten und ihre Unabhängigkeit zu bewahren. Angesichts der politischen und wirtschaftlichen Verhältnisse, in denen er keinen Raum mehr für eine traditionell im Außenhandel engagierte Bank sah, beschloss er 1932, sein Haus aus dem aktiven Bankgeschäft zurückzuziehen.

Die Firma Joh. Berenberg, Gossler & Co. überstand die Zeit der nationalsozialistischen Herrschaft als Holdinggesellschaft, in der die Beteiligungen der Firma zusammengefasst wurden, u. a. an zwei kleineren Privatbanken, die vornehmlich im Vermögensverwaltungsgeschäft tätig waren. Zahlreiche Tagebucheintragungen belegen, dass Cornelius Freiherr v. Berenberg-Gossler den Nationalsozialismus entschieden ablehnte. Nach der Annexion des Sudetenlandes und dem Anschluss Österreichs schrieb er 1938: »Lieber ein kleiner, anständig geführter Staat als ein solch großes Reich, wie Deutschland es heute ist, ohne Recht und Anstand, mit einer Regierung von Räubern und Mördern.«

Er unterstützte bedrohte Geschäftsfreunde und Bekannte, einigen konnte er zur Flucht verhelfen. Am 3. Mai 1945, als englische Truppen in Hamburg einmarschierten, schrieb der 71-jährige in sein Tagebuch: »Nun heißt es, mit den Folgen des Krieges fertig zu werden und allmählich zu versuchen, den Kindern bei dem Aufbau ihrer Zukunft zu helfen.«